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在美国哥伦比亚大学博士后出站后，他放弃国外优渥的待遇，回到母校中国科学技术大学。他口中的“郭老师”是中国科学院院士、量子信息学家郭光灿。2008年，已是中科院物理研究所副教授的朱晓波放弃教职，前往日本深造。回国3年后，朱晓波加入中国科学技术大学，开始研制超导量子计算原型机。