周耀旗毕业于中国科学技术大学化学物理系，在2000年任纽约州立大学布法罗分校助理教授，2004年升为终身副教授；并在2006年成为印第安纳大学信息学院和医学院教授，2013年起是澳大利亚格里菲斯大学糖组学研究所教授。
