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东莞理工学院高教研究所是学校独立直属机构。2015年9月学校被确定为省市共建高水平理工科大学建设单位，根据学校工作发展需要，2016年10月，学校独立设置高教研究所，原高教研究与评估中心更名为教学质量监控与评估中心。高教研究所主要聚焦高等工程教育改革、新工科建设、高水平理工大学建设等领域。