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生物医学工程专业已是上海交大这一百年名校中一个亮点专业之一。2015年，上海交大生物医学工程专业成为上海交大入选上海高峰高原学科(I类)的四个专业之一。2011年4月8日，于上海交大建校115周年之际，生物医学工程学院在整合Med-X研究院与原生物医学工程系的科研和教学资源的基础上正式成立。